Fast computation of weights needed for adaptive lasso based on Gaussian family data.
adaptive.weights(x, y, nu = 1, weight.method = c("multivariate", "univariate"))input matrix, of dimension nobs x nvars; each row is an observation vector.
response variable.
non-negative tuning parameter
Should the weights be computed for multivariate regression model (only possible when the number of observations is larger than the number of parameters) or by individual marginal/"univariate" regression coefficients.
Returns a list with two elements:
the computed weights
the value of nu used for the computations
The weights returned are 1/abs(beta_hat)^nu where the beta-parameters are estimated from the corresponding linear model (either multivariate or univariate).
Xou, H (2006). The Adaptive Lasso and Its Oracle Properties. JASA, Vol. 101.
glmnet
set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(50000), nrow=50)
y <- rnorm(50, mean=x[,1])
weights <- adaptive.weights(x, y)
#> Warning: using univariate weight method since p>n
if (requireNamespace("glmnet", quietly = TRUE)) {
res <- glmnet::glmnet(x, y, penalty.factor=weights$weights)
head(res)
}
#> $a0
#> s0 s1 s2 s3 s4 s5
#> -0.04508605 -0.04957984 -0.05386937 -0.05796394 -0.06187241 -0.06560323
#> s6 s7 s8 s9 s10 s11
#> -0.06916447 -0.07256386 -0.07580873 -0.07890612 -0.08186273 -0.08468496
#> s12 s13 s14 s15 s16 s17
#> -0.08737891 -0.08995042 -0.09240505 -0.09474812 -0.09698468 -0.09911960
#> s18 s19 s20 s21 s22 s23
#> -0.10115747 -0.10310272 -0.10495956 -0.10673200 -0.10842388 -0.11003887
#> s24 s25 s26 s27 s28 s29
#> -0.11158045 -0.11305196 -0.11315442 -0.11217988 -0.11124962 -0.11274846
#> s30 s31 s32 s33 s34 s35
#> -0.11443148 -0.11603803 -0.11757155 -0.11903538 -0.12043268 -0.12176418
#> s36 s37 s38 s39 s40 s41
#> -0.12382080 -0.12695407 -0.12994621 -0.13174222 -0.13382846 -0.13657833
#> s42 s43 s44 s45 s46 s47
#> -0.13922019 -0.14174209 -0.14337473 -0.14460048 -0.14587624 -0.14683841
#> s48 s49 s50 s51 s52 s53
#> -0.14598006 -0.14551800 -0.14515131 -0.14654052 -0.14793854 -0.14703048
#> s54 s55 s56 s57 s58 s59
#> -0.14544355 -0.14428523 -0.14174165 -0.13935623 -0.13684380 -0.13404860
#> s60 s61 s62 s63 s64 s65
#> -0.13141279 -0.12866379 -0.12558463 -0.12271573 -0.11982685 -0.11860664
#> s66 s67 s68 s69 s70 s71
#> -0.11921148 -0.11991105 -0.12072935 -0.12138379 -0.12181416 -0.12216777
#> s72 s73 s74 s75 s76 s77
#> -0.12250578 -0.12310778 -0.12363399 -0.12307142 -0.12180241 -0.11898919
#> s78 s79 s80 s81 s82 s83
#> -0.11512734 -0.11186195 -0.11013196 -0.10871956 -0.10687742 -0.10507979
#> s84 s85 s86 s87 s88 s89
#> -0.10332845 -0.10263582 -0.10141322 -0.09891765 -0.09613616 -0.09343532
#> s90 s91 s92 s93 s94 s95
#> -0.09082651 -0.08857783 -0.08634300 -0.08379328 -0.08152156 -0.07919755
#> s96 s97 s98 s99
#> -0.07759747 -0.07633886 -0.07523094 -0.07422980
#>
#> $beta
#> 1000 x 100 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 32 column names ‘s0’, ‘s1’, ‘s2’ ... ]]
#>
#> V1 . 0.0447373 0.08744122 0.1282042 0.1671144 0.2042561 0.2397096 0.2735518
#> V2 . . . . . . . .
#> V3 . . . . . . . .
#> V4 . . . . . . . .
#> V5 . . . . . . . .
#> V6 . . . . . . . .
#> V7 . . . . . . . .
#> V8 . . . . . . . .
#> V9 . . . . . . . .
#> V10 . . . . . . . .
#> V11 . . . . . . . .
#> V12 . . . . . . . .
#> V13 . . . . . . . .
#> V14 . . . . . . . .
#> V15 . . . . . . . .
#> V16 . . . . . . . .
#> V17 . . . . . . . .
#> V18 . . . . . . . .
#> V19 . . . . . . . .
#> V20 . . . . . . . .
#> V21 . . . . . . . .
#> V22 . . . . . . . .
#> V23 . . . . . . . .
#> V24 . . . . . . . .
#> V25 . . . . . . . .
#> V26 . . . . . . . .
#> V27 . . . . . . . .
#> V28 . . . . . . . .
#> V29 . . . . . . . .
#> V30 . . . . . . . .
#> V31 . . . . . . . .
#> V32 . . . . . . . .
#> V33 . . . . . . . .
#> V34 . . . . . . . .
#> V35 . . . . . . . .
#> V36 . . . . . . . .
#> V37 . . . . . . . .
#> V38 . . . . . . . .
#> V39 . . . . . . . .
#> V40 . . . . . . . .
#> V41 . . . . . . . .
#> V42 . . . . . . . .
#> V43 . . . . . . . .
#> V44 . . . . . . . .
#> V45 . . . . . . . .
#> V46 . . . . . . . .
#> V47 . . . . . . . .
#> V48 . . . . . . . .
#> V49 . . . . . . . .
#> V50 . . . . . . . .
#> V51 . . . . . . . .
#> V52 . . . . . . . .
#> V53 . . . . . . . .
#> V54 . . . . . . . .
#> V55 . . . . . . . .
#> V56 . . . . . . . .
#> V57 . . . . . . . .
#> V58 . . . . . . . .
#> V59 . . . . . . . .
#> V60 . . . . . . . .
#> V61 . . . . . . . .
#> V62 . . . . . . . .
#> V63 . . . . . . . .
#> V64 . . . . . . . .
#> V65 . . . . . . . .
#> V66 . . . . . . . .
#> V67 . . . . . . . .
#> V68 . . . . . . . .
#> V69 . . . . . . . .
#> V70 . . . . . . . .
#> V71 . . . . . . . .
#> V72 . . . . . . . .
#> V73 . . . . . . . .
#> V74 . . . . . . . .
#> V75 . . . . . . . .
#> V76 . . . . . . . .
#> V77 . . . . . . . .
#> V78 . . . . . . . .
#> V79 . . . . . . . .
#> V80 . . . . . . . .
#> V81 . . . . . . . .
#> V82 . . . . . . . .
#> V83 . . . . . . . .
#> V84 . . . . . . . .
#> V85 . . . . . . . .
#> V86 . . . . . . . .
#> V87 . . . . . . . .
#> V88 . . . . . . . .
#> V89 . . . . . . . .
#> V90 . . . . . . . .
#> V91 . . . . . . . .
#> V92 . . . . . . . .
#> V93 . . . . . . . .
#> V94 . . . . . . . .
#> V95 . . . . . . . .
#> V96 . . . . . . . .
#> V97 . . . . . . . .
#> V98 . . . . . . . .
#> V99 . . . . . . . .
#> V100 . . . . . . . .
#> V101 . . . . . . . .
#> V102 . . . . . . . .
#> V103 . . . . . . . .
#> V104 . . . . . . . .
#> V105 . . . . . . . .
#> V106 . . . . . . . .
#> V107 . . . . . . . .
#> V108 . . . . . . . .
#> V109 . . . . . . . .
#> V110 . . . . . . . .
#> V111 . . . . . . . .
#> V112 . . . . . . . .
#> V113 . . . . . . . .
#> V114 . . . . . . . .
#> V115 . . . . . . . .
#> V116 . . . . . . . .
#> V117 . . . . . . . .
#> V118 . . . . . . . .
#> V119 . . . . . . . .
#> V120 . . . . . . . .
#> V121 . . . . . . . .
#> V122 . . . . . . . .
#> V123 . . . . . . . .
#> V124 . . . . . . . .
#> V125 . . . . . . . .
#> V126 . . . . . . . .
#> V127 . . . . . . . .
#> V128 . . . . . . . .
#> V129 . . . . . . . .
#> V130 . . . . . . . .
#> V131 . . . . . . . .
#> V132 . . . . . . . .
#> V133 . . . . . . . .
#> V134 . . . . . . . .
#> V135 . . . . . . . .
#> V136 . . . . . . . .
#> V137 . . . . . . . .
#> V138 . . . . . . . .
#> V139 . . . . . . . .
#> V140 . . . . . . . .
#> V141 . . . . . . . .
#> V142 . . . . . . . .
#> V143 . . . . . . . .
#> V144 . . . . . . . .
#> V145 . . . . . . . .
#> V146 . . . . . . . .
#> V147 . . . . . . . .
#> V148 . . . . . . . .
#> V149 . . . . . . . .
#> V150 . . . . . . . .
#> V151 . . . . . . . .
#> V152 . . . . . . . .
#> V153 . . . . . . . .
#> V154 . . . . . . . .
#> V155 . . . . . . . .
#> V156 . . . . . . . .
#> V157 . . . . . . . .
#> V158 . . . . . . . .
#> V159 . . . . . . . .
#> V160 . . . . . . . .
#> V161 . . . . . . . .
#> V162 . . . . . . . .
#> V163 . . . . . . . .
#> V164 . . . . . . . .
#> V165 . . . . . . . .
#> V166 . . . . . . . .
#> V167 . . . . . . . .
#> V168 . . . . . . . .
#> V169 . . . . . . . .
#> V170 . . . . . . . .
#> V171 . . . . . . . .
#> V172 . . . . . . . .
#> V173 . . . . . . . .
#> V174 . . . . . . . .
#> V175 . . . . . . . .
#> V176 . . . . . . . .
#> V177 . . . . . . . .
#> V178 . . . . . . . .
#> V179 . . . . . . . .
#> V180 . . . . . . . .
#> V181 . . . . . . . .
#> V182 . . . . . . . .
#> V183 . . . . . . . .
#> V184 . . . . . . . .
#> V185 . . . . . . . .
#> V186 . . . . . . . .
#> V187 . . . . . . . .
#> V188 . . . . . . . .
#> V189 . . . . . . . .
#> V190 . . . . . . . .
#> V191 . . . . . . . .
#> V192 . . . . . . . .
#> V193 . . . . . . . .
#> V194 . . . . . . . .
#> V195 . . . . . . . .
#> V196 . . . . . . . .
#> V197 . . . . . . . .
#> V198 . . . . . . . .
#> V199 . . . . . . . .
#> V200 . . . . . . . .
#> V201 . . . . . . . .
#> V202 . . . . . . . .
#> V203 . . . . . . . .
#> V204 . . . . . . . .
#> V205 . . . . . . . .
#> V206 . . . . . . . .
#> V207 . . . . . . . .
#> V208 . . . . . . . .
#> V209 . . . . . . . .
#> V210 . . . . . . . .
#> V211 . . . . . . . .
#> V212 . . . . . . . .
#> V213 . . . . . . . .
#> V214 . . . . . . . .
#> V215 . . . . . . . .
#> V216 . . . . . . . .
#> V217 . . . . . . . .
#> V218 . . . . . . . .
#> V219 . . . . . . . .
#> V220 . . . . . . . .
#> V221 . . . . . . . .
#> V222 . . . . . . . .
#> V223 . . . . . . . .
#> V224 . . . . . . . .
#> V225 . . . . . . . .
#> V226 . . . . . . . .
#> V227 . . . . . . . .
#> V228 . . . . . . . .
#> V229 . . . . . . . .
#> V230 . . . . . . . .
#> V231 . . . . . . . .
#> V232 . . . . . . . .
#> V233 . . . . . . . .
#> V234 . . . . . . . .
#> V235 . . . . . . . .
#> V236 . . . . . . . .
#> V237 . . . . . . . .
#> V238 . . . . . . . .
#> V239 . . . . . . . .
#> V240 . . . . . . . .
#> V241 . . . . . . . .
#> V242 . . . . . . . .
#> V243 . . . . . . . .
#> V244 . . . . . . . .
#> V245 . . . . . . . .
#> V246 . . . . . . . .
#> V247 . . . . . . . .
#> V248 . . . . . . . .
#> V249 . . . . . . . .
#> V250 . . . . . . . .
#> V251 . . . . . . . .
#> V252 . . . . . . . .
#> V253 . . . . . . . .
#> V254 . . . . . . . .
#> V255 . . . . . . . .
#> V256 . . . . . . . .
#> V257 . . . . . . . .
#> V258 . . . . . . . .
#> V259 . . . . . . . .
#> V260 . . . . . . . .
#> V261 . . . . . . . .
#> V262 . . . . . . . .
#> V263 . . . . . . . .
#> V264 . . . . . . . .
#> V265 . . . . . . . .
#> V266 . . . . . . . .
#> V267 . . . . . . . .
#> V268 . . . . . . . .
#> V269 . . . . . . . .
#> V270 . . . . . . . .
#> V271 . . . . . . . .
#> V272 . . . . . . . .
#> V273 . . . . . . . .
#> V274 . . . . . . . .
#> V275 . . . . . . . .
#> V276 . . . . . . . .
#> V277 . . . . . . . .
#> V278 . . . . . . . .
#> V279 . . . . . . . .
#> V280 . . . . . . . .
#> V281 . . . . . . . .
#> V282 . . . . . . . .
#> V283 . . . . . . . .
#> V284 . . . . . . . .
#> V285 . . . . . . . .
#> V286 . . . . . . . .
#> V287 . . . . . . . .
#> V288 . . . . . . . .
#> V289 . . . . . . . .
#> V290 . . . . . . . .
#> V291 . . . . . . . .
#> V292 . . . . . . . .
#> V293 . . . . . . . .
#> V294 . . . . . . . .
#> V295 . . . . . . . .
#> V296 . . . . . . . .
#> V297 . . . . . . . .
#> V298 . . . . . . . .
#> V299 . . . . . . . .
#> V300 . . . . . . . .
#> V301 . . . . . . . .
#> V302 . . . . . . . .
#> V303 . . . . . . . .
#> V304 . . . . . . . .
#> V305 . . . . . . . .
#> V306 . . . . . . . .
#> V307 . . . . . . . .
#> V308 . . . . . . . .
#> V309 . . . . . . . .
#> V310 . . . . . . . .
#> V311 . . . . . . . .
#> V312 . . . . . . . .
#> V313 . . . . . . . .
#> V314 . . . . . . . .
#> V315 . . . . . . . .
#> V316 . . . . . . . .
#> V317 . . . . . . . .
#> V318 . . . . . . . .
#> V319 . . . . . . . .
#> V320 . . . . . . . .
#> V321 . . . . . . . .
#> V322 . . . . . . . .
#> V323 . . . . . . . .
#> V324 . . . . . . . .
#> V325 . . . . . . . .
#> V326 . . . . . . . .
#> V327 . . . . . . . .
#> V328 . . . . . . . .
#> V329 . . . . . . . .
#> V330 . . . . . . . .
#> V331 . . . . . . . .
#> V332 . . . . . . . .
#> V333 . . . . . . . .
#> V334 . . . . . . . .
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#> V337 . . . . . . . .
#> V338 . . . . . . . .
#> V339 . . . . . . . .
#> V340 . . . . . . . .
#> V341 . . . . . . . .
#> V342 . . . . . . . .
#> V343 . . . . . . . .
#> V344 . . . . . . . .
#> V345 . . . . . . . .
#> V346 . . . . . . . .
#> V347 . . . . . . . .
#> V348 . . . . . . . .
#> V349 . . . . . . . .
#> V350 . . . . . . . .
#> V351 . . . . . . . .
#> V352 . . . . . . . .
#> V353 . . . . . . . .
#> V354 . . . . . . . .
#> V355 . . . . . . . .
#> V356 . . . . . . . .
#> V357 . . . . . . . .
#> V358 . . . . . . . .
#> V359 . . . . . . . .
#> V360 . . . . . . . .
#> V361 . . . . . . . .
#> V362 . . . . . . . .
#> V363 . . . . . . . .
#> V364 . . . . . . . .
#> V365 . . . . . . . .
#> V366 . . . . . . . .
#> V367 . . . . . . . .
#> V368 . . . . . . . .
#> V369 . . . . . . . .
#> V370 . . . . . . . .
#> V371 . . . . . . . .
#> V372 . . . . . . . .
#> V373 . . . . . . . .
#> V374 . . . . . . . .
#> V375 . . . . . . . .
#> V376 . . . . . . . .
#> V377 . . . . . . . .
#> V378 . . . . . . . .
#> V379 . . . . . . . .
#> V380 . . . . . . . .
#> V381 . . . . . . . .
#> V382 . . . . . . . .
#> V383 . . . . . . . .
#> V384 . . . . . . . .
#> V385 . . . . . . . .
#> V386 . . . . . . . .
#> V387 . . . . . . . .
#> V388 . . . . . . . .
#> V389 . . . . . . . .
#> V390 . . . . . . . .
#> V391 . . . . . . . .
#> V392 . . . . . . . .
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