modload.RdLoad and dump model file in the consol.
modload(model, use.model.path = TRUE)data.frame
##### Load the .ext file "run001.mod"
# 1) Get path to the example file included in nonmem2R package
file1 <- system.file("extdata", "run001.mod", package = "nonmem2R")
# 2) Load the file using the extload function
modload(file1)
#> Code
#> $PROBLEM PK
#> $INPUT PKFL DV ID FLAG PERIOD TAD TIME AMT EVID CMT MDV TRTPN
#> TRT1 TRT2 TRT3 TRT4
#> $DATA PK.csv IGNORE=@ IGNORE=(PKFL.EQ.0)
#> IGNORE=(TRTPN.EQ.1) IGNORE=(TRTPN.EQ.3)
#> IGNORE=(TRTPN.EQ.4)
#> $SUBROUTINE ADVAN6 TOL=6
#> $MODEL NCOMP=4 COMP=(cent) ;; central compartment parent
#> COMP=(centmet) ;; central compartment metabolite
#> COMP=(peri) ;; peripheral compartment parent
#> COMP=(perimet) ;; peripheral compartment metabolite
#> ;--------------------------
#> $PK
#> "FIRST
#> " COMMON/PRCOMG/ IDUM1,IDUM2,IMAX,IDUM4,IDUM5
#> "INTEGER IDUM1,IDUM2,IMAX,IDUM4,IDUM5
#> "IMAX=1000000
#> ;# Set up dosing times
#> IF(NEWIND.LE.1) THEN
#> TDOS= -1000
#> PD=0
#> ENDIF
#> IF(AMT.GT.0) THEN
#> TDOS = TIME ; If AMT > 0, set TDOS to TIME
#> PD = AMT ; If AMT > 0, update PD
#> ENDIF
#> TAD2 = TIME-TDOS ; Set time after dose
#> E1=EXP(ETA(1))
#> E2=EXP(ETA(2))
#> E3=EXP(ETA(3))
#> E4=EXP(ETA(4))
#> E5=EXP(ETA(5))
#> E6=EXP(ETA(6))
#> E7=EXP(ETA(7))
#> TVCL=THETA(1)
#> CL=TVCL*E1
#> TVV1=THETA(2)
#> V1=TVV1
#> TVV2=THETA(3)
#> V2=TVV2
#> TVQ1=THETA(4)
#> Q1=TVQ1*E2
#> TVCLM=THETA(8)
#> CLM=TVCLM*E3
#> TVVM1=THETA(9)
#> VM1=TVVM1
#> TVVM2=THETA(10)
#> VM2=TVVM2*E4
#> TVQ2=THETA(11)
#> Q2=TVQ2
#> MTT=THETA(6)*E5
#> NT=1+THETA(15)*E6
#> KTR=NT/MTT
#> NN=NT-1
#> ;;-- Approximation of log(factorial(NN))
#> IF(NN.GE.0.558) THEN
#> L = LOG(2.5066)+(NN+.5)*LOG(NN)-NN+LOG(1+1/(12*NN))
#> ELSE
#> L= -0.1171157 + 0.5690*((0.558 - NN)**2) - 0.1122*(0.558 - NN)
#> ENDIF
#> K13=Q1/V1
#> K31=Q1/V2
#> TVfm=0.22
#> fm=TVfm
#> K10=CL*(1-fm)/V1
#> K12=fm*CL/V1
#> K24=Q2/VM1
#> K42=Q2/VM2
#> K20=CLM/VM1
#> S1=V1
#> S2=VM1
#> F1=0
#> BIO=THETA(7)*E7
#> X=0.0000001
#> $DES
#> IF(T.GE.TDOS) THEN
#> DADT(1)= BIO*PD*KTR*EXP(NN*LOG(KTR*(T-TDOS) + X) - KTR*(T - TDOS)-L) - k10*A(1) - k12*A(1) - k13*A(1)+k31*A(3)
#> ELSE
#> DADT(1)= - k12*A(1) - k13*A(1)+k31*A(3)
#> ENDIF
#> DADT(2)= k12*A(1) - k20*A(2) - k24*A(2)+k42*A(4)
#> DADT(3)= k13*A(1)-k31*A(3)
#> DADT(4)= k24*A(2)-k42*A(4)
#> $ERROR
#> STRT=FLAG
#> ;;Separate residual error for parent and the active metabolite
#> IF(FLAG.LE.1) THEN
#> IPRED=A(1)/S1
#> W=sqrt( (theta(5)*IPRED)**2 + theta(13)**2 ) ;;prop and add error parent
#> Y=IPRED+W*EPS(1)
#> ELSE
#> IPRED=A(2)/S2
#> W=sqrt( (theta(12)*IPRED)**2 + theta(14)**2 ) ;;prop and add error metabolite
#> Y=IPRED+W*EPS(1)
#> ENDIF
#> CP=A(1)/S1
#> CM=A(2)/S2
#> DEL=0
#> IF (W.EQ.0) DEL=1
#> IRES=DV-IPRED
#> IWRES=IRES/(W+DEL)
#> ;--------------------------
#> $THETA (0,16.5964) ; 1 CL L/h parent
#> (0,144.673) ; 2 V1 L parent
#> (0,68.9777) ; 3 V2 L parent
#> (0,15.7851) ; 4 Q1 parent
#> (0,0.36446) ; 5 ERROR parent
#> (0,1.00) ; 6 MTT
#> 1 FIX ; 7 F1
#> (0,10.387) ; 8 CLM metabolite
#> (0,7.53503) ; 9 VM1 L metabolite
#> (0,43.3393) ; 10 VM2 L metabolite
#> (0,4.55635) ; 11 Q2 metabolite
#> (0,0.279073) ; 12 ERROR metabolite
#> (0,3) ; 13 Add ERROR parent
#> (0,3) ; 14 Add ERROR metabolite
#> (1,5,12) ; 15 NTR
#> ;--------------------------
#> $OMEGA 0.0558419 ; 1 CL parent
#> $OMEGA 0.193658 ; 2 Q1 parent
#> $OMEGA 0.0857882 ; 3 CL metabolite
#> $OMEGA 0 FIX ; 4 V2 metabolite
#> $OMEGA 0.321524 ; 5 KTR
#> $OMEGA 0 FIX ; 6 NTR
#> $OMEGA 0.0975457 ; 7 Bioavailability
#> ;--------------------------
#> $SIGMA 1 FIX
#> ;--------------------------
#> $ESTIMATION SIGDIG=3 NOABORT PRINT=5 MAXEVAL=9999 METHOD=1 INTERACTION
#> SIGL=15
#> $COVARIANCE PRINT=E
#> $TABLE PKFL DV ID FLAG PERIOD TAD TIME AMT EVID CMT MDV TRTPN
#> IPRED IWRES RES CWRES CL V1 V2 Q1 F1 CLM fm VM1 VM2 Q2 KTR
#> MTT NT ETA1 ETA2 ETA3 ETA4 ETA5 ETA6 ETA7 NOPRINT
#> ONEHEADER file=run001.txt